合同会社を設立したら最初の2か月でやること｜税務署・都道府県・市区町村・年金事務所の届出一覧と期限【会社員のまま設立した人向け】

合同会社の登記が終わると、ほっとして手が止まりがちです。でも本当の締め切りラッシュは登記のあとに来ます。

結論から書くと、設立後の届出は「税務署」「都道府県・市区町村」「年金事務所」の3か所に出します。期限は早いものだと5日以内、遅いものでも2〜3か月以内です。この記事では、設立日（登記を申請した日）から数えた期限を一覧表にして、会社員のまま設立した人がつまずきやすい点もまとめました。

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私は2023年2月に、会社員のまま合同会社を設立しました。設立は弥生のサービスを使い、登記の申請は自分で法務局に出しました。
登記が終わってからは、法人口座（GMOあおぞらネット銀行）の申込や、年金事務所への「二以上事業所勤務届」を自分で進めました。正直なところ、「どれをいつまでに出すのか」を把握するまでが一番大変でした。

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税務署・都道府県・市区町村への届出は、登記が終わってから契約した税理士事務所に出してもらったと記憶しています。年金事務所の新規適用届は自分で出しました。途中までは税理士事務所の方にやり方を聞き、そこから先は年金事務所などに電話で確認しながら進めました。

なお、定款の作り方や登記の申請までの流れは合同会社の設立手順と費用で、二以上事業所勤務届の書き方は二以上事業所勤務届の手続きで、退職するときの社会保険の切り替えは退職時の社保切替で詳しく書いています。この記事は「登記が終わってから出す届出」に絞ります。

まず確認：設立日はいつ？（期限のスタート地点）

設立後の届出の期限は、ほとんどが「設立の日」から数えます。だから最初に、自分の会社の設立日がいつなのかをはっきりさせておきましょう。

設立日は「登記の申請を法務局が受け付けた日」

合同会社は、本店の所在地で設立の登記をすることで成立します（会社法第579条）。法務局の案内では、設立年月日は登記所が設立登記の申請を受け付けた日になるとされています。登記が完了した日ではない点に注意してください。

つまり、申請から登記完了まで数日〜1週間ほどかかったとしても、期限のカウントは申請した日から始まっているということです。登記完了を待っている間にも、5日以内の届出（年金事務所）の期限は進みます。

設立日を選びたいときの考え方

設立日は「申請を出した日」なので、申請日を選べば設立日もある程度選べます。オンライン申請や郵送の場合は、法務局に届いて受け付けられた日が基準になるので、日付にこだわりがある人は窓口で直接出すか、受付日を法務局に確認しておくと安心です。

ちなみに、決算月（事業年度）は設立日とは別に定款で決めます。私は退職日が9月末で、SESの案件が10月に始まる予定だったので9月決算にしました。決め方は決算月の決め方にまとめています。

【一覧表】設立後の届出と期限（税務署・都道府県・市区町村・年金事務所）

ひとり合同会社で関係しやすい届出を、提出先ごとに一覧にしました。「いつまで」の欄は、国税庁・日本年金機構などの公式ページの書き方に合わせています。

出典：国税庁「内国普通法人等の設立の届出」「青色申告書の承認の申請」「給与支払事務所等の開設・移転・廃止の届出」「源泉所得税の納期の特例の承認に関する申請」、日本年金機構「新規適用の手続き」「従業員を採用したときの手続き」「二以上事業所勤務の届出」、東京都主税局「よくある質問」（2026年10月時点）

このほか、従業員を雇う場合は労働基準監督署やハローワークへの手続きが別に必要です。この記事では、役員1人だけのひとり合同会社を前提にしているので扱いません。

税務署に出す届出（2か月以内が基本）

税務署に出す書類は数が多いですが、ひとり合同会社で実際に関係するものは限られます。順番に見ていきます。

① 法人設立届出書｜設立から2か月以内

法人を作ったことを税務署に知らせる、いちばん基本の届出です。国税庁の案内では、提出期限は「法人設立の日（設立登記の日）以後2月以内」、提出先は納税地の所轄税務署です。添付書類は定款の写しです。

提出方法は、e-Tax（電子申告）か、書面での持参・郵送です。e-Taxを初めて使う場合は、利用者識別番号の取得が必要になります。

② 青色申告の承認申請書｜3か月以内が目安（最初の事業年度が短いと早まる）

青色申告にすると、赤字を翌期以降に繰り越せるなどのメリットがあります。新しく設立した法人の提出期限は、国税庁の案内では「設立の日以後3月を経過した日と当該事業年度終了の日とのうちいずれか早い日の前日まで」です。

ポイントは「いずれか早い日」です。たとえば設立から決算日までが3か月より短い会社は、1期目の決算日の前日が期限になります。ただし、設立から最初の決算日までが3か月に満たない場合は、翌事業年度について別の期限が定められています。自分の会社がどちらに当たるか迷ったら、税理士や税務署に確認してください。

私の会社は1期目が7か月で小さな赤字でした。2期目は黒字でしたが、1期目の赤字を繰り越せたので法人税等は少額で済みました。こういう場面で青色申告が効いてきます。1期目の決算の話は1期目の決算に書いています。

③ 給与支払事務所等の開設届出書｜役員報酬を払うなら1か月以内

ひとり社長でも、役員報酬を払うなら会社は「給与を支払う側」になります。国税庁の案内では、給与等の支払事務を取り扱う事務所を開設したときは、その事実があった日から1か月以内に、所在地の所轄税務署に提出します。

④ 源泉所得税の納期の特例｜出しておくと納付が年2回に

役員報酬から天引きした源泉所得税は、原則として毎月納めます。給与の支給人員が常時10人未満なら、この申請を出すことで年2回の納付にまとめられます。

出典：国税庁「源泉所得税の納期の特例の承認に関する申請」（2026年10月時点）

ひとり社長にとっては毎月の納付の手間が減るので、役員報酬を払うなら一緒に出しておくと楽です。納付書の書き方やe-Tax・ペイジーでの納付の手順は「ひとり社長の源泉所得税」にまとめました。ただし、適用が始まるまでの月は通常どおり翌月10日までの納付になる点に注意してください。

⑤ 役員報酬の決め方にも期限がある

届出書ではありませんが、税務署がらみで見落としやすい期限がもう1つあります。役員報酬を毎月同じ額で払う「定期同額給与」は、原則として事業年度開始の日から3か月を経過する日までに改定したものが対象になります。設立直後に「いくらにするか」を決めておかないと、経費にできない部分が出るおそれがあります。

また、役員に決まった時期に決まった額を払う「事前確定届出給与」を使う場合、新設法人が設立時に始まる職務について定めたときの届出期限は設立の日以後2か月を経過する日です。ひとり社長で使う人は多くないと思いますが、ボーナス的な払い方を考えている人は覚えておいてください。

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私は会社員だった1期目は役員報酬を月15万円にして、退職後の2期目の初めから月60万円にしました。金額は税理士と試算して決めました。決め方の考え方は役員報酬の決め方と役員報酬の試算例に書いています。

⑥ 消費税まわり｜資本金1,000万円未満なら原則は免税スタート

国税庁の案内では、基準期間がない法人のうち、事業年度開始の日の資本金が1,000万円以上の法人は「新設法人」として、1期目から消費税の納税義務があります。資本金が1,000万円未満なら原則は免税事業者ですが、次のような場合は免税になりません。

インボイスに登録するか、簡易課税を選ぶかは、取引先や売上の見込みで有利・不利が変わります。私は税理士の勧めでインボイスに登録し、2割特例を経て、いまは簡易課税です（税理士が数字を出して決めました）。詳しくはひとり法人のインボイス対応を見てください。ここは自己判断せず、顧問税理士に相談するのがおすすめです。

都道府県・市区町村に出す「法人設立届」

税務署とは別に、地方税（法人住民税・法人事業税）の窓口にも設立の届出が必要です。ここは自治体ごとに書類の名前、期限、添付書類が違うのが厄介なところです。

例：東京都の場合

東京都主税局の「よくある質問」では、法人を設立したときは事業を開始した日から15日以内に「法人設立・設置届出書」を所管の都税事務所（都税支所・支庁）に出すとされています。

出典：東京都主税局「よくある質問（都税について）」（2026年10月時点）

東京都の案内によると、国税では登記事項証明書の添付が不要になりましたが、都税では従来どおり必要です。税務署と都道府県で添付書類が違うことがあるので、まとめて準備するときは気をつけてください。

東京都以外の場合

道府県と市町村の両方に出すのが一般的で、期限も「設立から1か月以内」など自治体ごとにバラバラです。本店所在地の都道府県と市区町村の公式サイトで「法人設立届」と検索して、期限と添付書類を確認するのが確実です。

本店をバーチャルオフィスにしている場合も、届出先は登記上の本店所在地の自治体です。法人住民税の均等割は赤字でもかかるので、その話は均等割は赤字でもかかるにまとめています。

年金事務所の手続き（5日以内・10日以内）

設立後の届出の中で、いちばん期限が短いのが年金事務所です。ここは会社員のまま設立した人ほど複雑なので、ていねいに見ていきます。

法人は社長1人でも社会保険の適用事業所

日本年金機構の案内では、健康保険・厚生年金保険の加入が義務づけられているのは「常時従業員（事業主のみの場合を含む）を使用する法人事業所」です。つまり、社長1人だけの合同会社でも対象になります。

出典：日本年金機構「新規適用の手続き」「従業員を採用したときの手続き」「二以上事業所勤務の届出」（2026年10月時点）

提出先は事務センターか管轄の年金事務所です。登記上の所在地と実際に事業をしている場所が違う場合は、実際の所在地を管轄するところに出し、賃貸借契約書のコピーなど所在地がわかる書類を添付します。バーチャルオフィスの人は、どこを管轄とするか事前に年金事務所に確認しておくと安心です。

役員報酬ゼロなら社会保険はどうなる？

会社員のまま設立して「最初は役員報酬ゼロにしよう」と考える人は多いと思います。日本年金機構が公開している疑義照会への回答では、「役員であっても、法人から労務の対償として報酬を受けている者は、法人に使用される者として被保険者とする」とされています。

裏返すと、報酬を受け取っていない役員は、この考え方では被保険者にならないと考えられます。ただし、報酬ゼロの期間に新規適用届をどう扱うか（出す必要があるか、いつ出すか）は、会社の状況で判断が分かれるところです。管轄の年金事務所に「役員1人・報酬なし」と伝えて確認するのが確実です。

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私は会社員のまま設立したときから役員報酬を月15万円にして、設立時に自分で年金事務所の窓口に新規適用届を出しました。ゼロや最低等級にしなかった理由と、2026年の厚労省通達で何が線引きされたかは、別の記事「役員報酬ゼロ・最低等級のマイクロ法人は大丈夫？」にまとめています。

会社員のまま法人から報酬をもらうなら「二以上事業所勤務届」

本業の会社と自分の会社の両方から報酬をもらうと、2つの事業所で社会保険に入ることになります。このときに本人が出すのが二以上事業所勤務届です。日本年金機構の案内では、期限は事実発生から10日以内、提出者は被保険者本人です。

本人が主たる事業所を選び、標準報酬月額は各事業所の報酬を合算して決まります。保険料はそれぞれの事業所の報酬額に応じて按分されます。

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私は1期目、会社員を続けながら法人から月15万円の役員報酬を受け取っていたので、二以上事業所勤務届を自分で年金事務所に出しました。本業の会社には何も依頼していません。手続きの流れは二以上事業所勤務届の手続きに詳しく書いています。

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正直に書くと、私は10日以内には出せていなかったと思います。手元にある二以上事業所勤務届の決定通知は、6月末に届いていました（設立は2月末）。

時系列で見る：登記から最初の2か月の動き方

期限だけを並べると混乱するので、実際に動く順番に並べ直しました。期限の短いものから片付けるのがコツです。

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私の場合は、登記を自分で申請したあと、設立後にGMOあおぞらネット銀行の法人口座を申し込みました。審査で落ちたことはありません。日本政策金融公庫の創業融資は、税理士事務所が支援してくれて、面談にも同席してもらいました。
振り返ると、手続きを難しく考えすぎていたと思います。不完全でも窓口や税理士にまず連絡すれば、ちゃんと相談に乗ってもらえました。

法人口座の選び方は法人口座8行比較、審査の話は法人口座の審査、公庫の流れは公庫の創業融資にまとめています。

法人設立ワンストップサービスでまとめて出す方法

「税務署・都道府県・市区町村・年金事務所に別々に出すのは面倒」という人には、マイナポータルの法人設立ワンストップサービスがあります。自治体の案内によると、法人設立に関わる手続きをオンラインでまとめて行えるサービスで、「かんたん問診」に答えると必要な手続きがわかる仕組みです。

出典：福島県「法人設立ワンストップサービスについて」（2026年10月時点）。最新の対象手続はマイナポータルで確認してください。

税理士に届出を任せる場合は、税理士側でe-Taxなどから出してくれることも多いです。「どの届出を誰が出すか」を最初に分担しておくと、二重提出や出し忘れを防げます。分担の考え方は税理士との分担に書きました。

会社員のまま設立した人が気をつけたいこと

会社員を続けながら合同会社を作った人は、普通の「独立して起業」とは違う注意点があります。

私は本業の会社に副業をしていることは伝えていましたが、設立したことは設立時点では伝えず、退職するときに正直に話しました。副業分の住民税は普通徴収にしていました。会社との関係の考え方は会社員が合同会社を作ると会社にバレる？と就業規則で確認する3か所を読んでみてください。

そして退職したら、今度は本業の社会保険から抜けて、法人の社会保険だけになる手続きが必要です。私は設立の7か月後、2023年9月末に退職しました。そのときの切り替えは退職時の社保切替にまとめています。

よくある質問

まとめ

合同会社の設立後の届出は、設立日（登記を申請した日）から数えて、税務署・都道府県と市区町村・年金事務所の3か所に出します。期限の短い年金事務所から手を付けて、税務署の届出は2か月以内にまとめて出すのが、漏れにくい進め方です。

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副業から合同会社を設立して4年目のひとり社長／エンジニア

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本業を持ちながら副業（口コミサイトと受託開発）を12年育て、本業と並行して合同会社を設立。その後、法人に一本化しました。いまはSESを本業に、自社Webサービスと口コミサイトを運営しています。立ち上げ前に自分が不安だったこと・迷ったことを、実際にどうだったかと一緒に書いています。